Вечером 22 июня 1941 года в результате стремительного наступления немецких войск возникла угроза захвата самой западной базы Балтийского флота - Либавы (Лиепаи). Флот был спешно эвакуирован. Корабли, которые не могли покинуть порт, взорваны. С-9 повезло. Она завершила ремонт на заводе Либавы всего за двое суток до начала войны, избежала гибели и вступила в бой с врагом. На счету С-9 было пять боевых походов и два подбитых немецких корабля. Лодка не раз форсировала опаснейшие минные заграждения Финского залива, преодолевала корабельные дозоры противника, пережила воздушные атаки, тонула. Девять раз она выходила из, казалось, безнадежных ситуаций. Субмарина пропала без вести в августе 1943 года. Место и обстоятельства гибели подводной лодки С-9 стали известны благодаря историкам и дайверам только спустя семьдесят лет.