История начинается с того, что раненый Нейтан Дрейк, очнувшись, обнаруживает, что он находится в поезде, свисающем со скалы. Позже выясняется, что его бывший друг Гарри Флинн и давняя подруга Хлоя Фрейзер предложили ему работу — украсть монгольскую масляную лампу из музея Стамбула. Нейт соглашается, когда узнаёт, что лампа может привести к сокровищам затонувшего флота Марко Поло. Гарри и Дрейк крадут лампу, которая содержит карту, показывающую, что затонувший флот перевозил камень Чинтамани из мистического города Шамбалы до того, как он был выброшен цунами на берег. Взяв карту, Флинн обманывает Дрейка, которого арестовывает подоспевшая полиция и сажает в тюрьму на три месяца. Хлоя, ничего не подозревавшая о предательстве Флинна, просит помощи у Виктора «Салли» Салливана освободить Нейта.