Спустя несколько десятилетий после событий Half-Life загадочный G-Man пробуждает Гордона Фримена из стазиса, довольно туманно намекнув, что тому предстоят «великие дела». Гордон приходит в себя в поезде, прибывающем в город Сити 17, который находится где-то в Восточной Европе и является главным штабом Альянса на Земле: в центре города находится высоченная башня и главный штаб — Цитадель, где заседает Уоллес Брин. На вокзале Гордон собирается сесть на поезд до Нова-Проспект (бывшей тюрьмы строгого режима, а ныне военной базы и лаборатории), но его успевает перехватить Барни Калхаун (его друг и бывший охранник из «Чёрной Мезы»), работающий под прикрытием сотрудником Гражданской обороны Оказывается, что Барни внедрился в ряды Гражданской Обороны, работая под прикрытием на Сопротивление. Он отправляет Гордона в подпольную лабораторию Айзека Кляйнера (бывшего коллеги Гордона). Продвигаясь по городу, Гордон заходит в одно из зданий, после чего детекторы Альянса фиксируют «отклонение в численности» людей в здании, и