Головин А. В. - Моделирование структур биополимеров - Оптимизация геометрии молекулярной динамики

0:00:18 1. Минимизация энергии и другие методы исследования поверхности потенциальной энергии 0:07:52 2. Алгоритмы без использования производных 0:08:32 3. Алгоритмы с использованием производных 0:17:26 4. Минимумы, максимумы, стационарные точки 0:20:23 5. Переходные состояния 0:24:09 6. Методы поиска 0:25:41 7. Проблемы обнаружения единичной конформации глобального минимума 0:27:12 8. Введение времени и температуры в молекулярной механике 0:29:34 9. Молекулярная динамика и метод Монте-Карло 0:30:35 10. Основной принцип и алгоритмы молекулярной динамики 0:34:24 11. Периодические граничные условия 0:39:26 12. Список соседей 0:43:25 13. Ограничения быстрых колебаний и способы увеличить шаг интегрирования 0:49:38 14. Температура 0:53:05 15. Контроль давления в системе 0:55:16 16. Методология подготовки системы для МД 0:57:27 17. Добавление воды в ячейку 0:58:48 18. Молекулярная динамика и неявный растворитель 1:02:38 19. Длина траектории МД